日本农药的MRLs由其厚生劳动省制定。由于农药、兽药等化学品残留引起的食品安全问题突出，为了不使这种残留农药对人的健康产生危害，在农药登记时就相关的安全性必须予以严格审查。日本于2003年5月修订了《食品卫生法》，并于2006年5月29日正式实施肯定列表制度（positive list system），并执行食品和农产品中农业化学品新的残留限量标准。肯定列表制度涉及对农药、兽药和添加剂等791种农用化学品的管理，是当时世界上制定残留限量标准最多、涵盖农药和食品品种最全的管理制度。该制度几乎对所有用于食用的食品和农产品上的农用化学品制定了残留限量标准，包括 “临时标准”、“一律标准”、“沿用现行限量标准”和“豁免物质”以及“不得检出”5个类型，共有限量标准57000多项，其中农药和农药MRLs的数量分别为579种和51600多项，均分别占到总数的70%和90%以上。

1 安全范围中的农药残留

首先，在农药登记申请时，根据提出的毒性试验结果，求出该农药在人畜的一生中每天连续摄食时不产生危害的、每千克体重每天允许摄入量（ADI: acceptable daily intake）。

另一方面，喷洒于作物中的农药，有的附着于作物，而未附着于作物上的药剂可进入土壤、大气中，如果是水田内使用，也会进入河道。在此过程中虽有分解， 但仍有一定部分通过农作物与水被人畜摄入。然而，为了使经各途径摄入的农药不超过ADI，必须对使用进行管理。此外，日本环境大臣在确定登记保留基准也必须予以考虑。

其中，除确定农药有效成分在食用作物中的容许残留量外， 还应有农药残留标准。即应考虑作物以外的农药摄入，而各作物的农药残留的总计，应为该农药ADI的80%。

2 每千克体重每天容许摄入量（ADI）的确认方法

所谓每千克体重每天容许摄入量，系指在人的一生中每日连续摄取该农药的量，但对人体无不良影响。该数据系以大鼠或小鼠等动物在一年反复经口喂饲等长期毒性试验结果为基础，求出无影响的投入量[无毒性量/NOAEL: no-observed adverse effect level（mg/kg/日）]。由于该数值系动物试验结果，考虑到与人及各个人的差异， 故需乘以不确定系数（通常为1/100[1/10（种间差异）×10（个人差异]）方可求得无影响量。此即为ADI。

此ADI 即为每千克体重每天容许摄入量，再通过乘以日本人的平均体重， 即为每一个日本人每天容许摄入量。

3 确定农药残留标准的方法

通常，施于作物上的农药，由于向大气层的蒸散，风雨的吹洗飘移淋溶，与光和水作用引起的分解，会随着时间的迁移而逐渐减少，到收获时只有少量的农药残留。

有关农药在作物中残留的登记保留基准，日本卫生劳动省以食品卫生法为基准，订立了残留农药标准。从2003（平成15年）年7月1日起，日本内阁设立了食品安全委员会，对为设定残留农药标准进行必要的毒性评价（设定ADI等）。有关水质影响的登记保留标准则与前一样，由环境大臣确定。

3.1 作物残留标准的确定方法

农药对作物的残留量，系根据申请登记时所提交的作物残留试验所得的残留量为基础， 设定标准值。考虑到由于气象条件等各种外界因素的变化可能，所设定的标准值比试验所得的残留量更应有某种程度的安全率。另外，在设定时也应考虑国外标准和国际标准。

3.2 水质影响相关的农药登记保留标准的确定方法

用于水田的农药，不仅为喷洒于作物上落于水面的农药，也包括直接施于水田的药剂。所施用的农药除附着于水田的土壤中，在水中分解外，还应考虑会随水沟流出，经由河川且作为饮用水。对此，在日本以每人每天摄入量2L，从饮用水中日本每人每天摄入的农药容许量为ADI的10%左右计，来设定水质污染相关的农药登记保留标准。

根据水质污染性试验结果计称，150d平均浓度未超过标准值的始可作为农药登记。